现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。 那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。 Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体， 在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。 但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦” 化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统， 企图从网络一侧控制人类的世界。 主人公少年·新海春， 获得了被伟大的意志引导的“App驱动”， 并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。 隐藏在“App驱动”中的谜团， 处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”， 以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？ 爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合， 奔驰于现代世界的新感觉搭档物语， 现在启动！
遥远的未来—— 人类分裂成了以有人兵器Strain为主战力（联合）和以无人兵器Tomorrow为主战力（帝国）的两大阵营，从而开始了永无止息的战斗。 现年16岁的セーラ·ウィーレック是联合阵营的名门独生女，就读于クラニアル星域的寄宿制リーズナー养成机关クラベラ空间机甲兵科学院，并且一心想成为リーズナー（Strain驾驶员）。成绩优秀的她的心中有个秘密，就是期望与最爱的哥哥再相会…… セーラ的哥哥ラルフ·ウィーレック在赛拉11岁的时候接到了特殊命令到远在130光年之外的最前线出击。虽然途中乘坐的是联合最为先进的亚光速战舰，客观时间也要经过400年。但主观时间（搭乘员的感觉到的时间）由于受到“ウラシマ效应”的影响实际上只是经过了2年。因此，セーラ想要见到哥哥，就必须也前去同样的战场。 兄妹两自小就失去了双亲，因此セーラ对哥哥有着超越普通亲人的感情，兄妹再会被她视为自己活着的意义。 セーラ能够与哥哥再相见吗？
寿宴过后，李饼接受了女皇安排的秘密任务，藏身胡肆，随后带着陈拾暗中查探丘神纪曾经在博州所作所为，主仆二人踏上了前往博州的征途。曾经的挚友为何会变成这样，是李饼一直想要解开的迷。李饼将博州的惨状上报女皇，本以为真相大白不料峰回路转，李饼该何去何从？
故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。 在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。 在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。 年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇迹般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。虽然有着痛苦的过去，但优马没有失去梦想，他依靠“想象的力量”成长起来，作为新手调查员加入了“SKIP”，被分配到了星元市分所。 就在这时，星元市发生了大规模的怪兽灾害。“想要保护眼前这些穷途末路的人们!”这个强烈而直接的想法从心底涌出的瞬间，“优马”的脑海中出现了儿时见过的光之使者“卢提昂”在和他说话：“我就是你，你就是我... ... 释放你的想象力!” 出现在手中的神秘之光包裹住优马的身体，释放出的想象之力将光与人结合在一起，守护未来的光之巨人“亚刻奥特曼”变身! 优马以及亚刻奥特曼与重要的伙伴一起，追逐着永不停歇的梦想，从现在开始奔跑!
