中央车站

　　城市的一隅。一家银行外的提款机前，一中年胖男人正熟练地操作着自动提款机。在他不远处的路边停着一辆破旧的红色夏利。车内坐着两个游走在城市边缘总想靠歪门邪道捞取不义之财的无业人员熊棋和潘安。他们专注地盯着提款机前的中年男人，伺机下手。城市的另一处，在一幢高级写字楼里，一家大公司的总经理室，中年经理坐在大班桌前，在他对面，坐着衣冠楚楚的某新成立的广告公司的经理段誉。展正在口若悬河宣传自己公司的业务，希望能与该公司合作。却被对方无情拒绝。段誉精明强干讲义气幽默乐观却爱耍些小聪明，但事业上却不如意，大学毕业后几年下来做了许多生意，均不顺利，后来好不容易拿到一家

　　故事围绕一个圣诞节蛋糕展开，讲述了战争年代天主教女子学院里人性的纯真、贪婪和幻想。“pupil”一词来源于拉丁语“pupilla”，即小女孩。

　　七年前，日本驻英领事馆发生了一起致命性的中毒事件，而唯一的幸存者也被国际犯罪组织劫走。出于政治原因，日本政府决定将此事隐瞒了下来。 七年后，前国际犯罪情报事务局理事马克·刘来到日本追查犯罪组织头目渡鸦的踪迹。东京警视厅派出特别干员杉下右京及冠城亘前往协助。然而，警方的第一个线人很快就被一个神秘的黑衣男子杀害。不久后犯罪组织入侵了外交部的官方网，并放出一段录像，在录像中的正是七年前失踪的幸存者，鹭泽瑛里佳。组织向日本政府索要9亿日元，并扬言如果不服从要求，数百万人将会见证日本的毁灭……

　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
　　不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。