2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
川上纪衣子（今井麻美 配音）喜欢上了在她受伤住院期间一直照顾着她的转校生齐藤亚绫（金元寿子 配音），同为女孩的她选择将这份感情深深的埋藏在心底。这场意外的车祸让纪衣子获得了能够用意念移动物体的超能力。某日，纪衣子想要偷吻睡着的亚绫，没想到被亚绫发现，令纪衣子感到震惊的是，原来亚绫也深深爱上了自己。 就这样，纪衣子和亚绫开始了交往。某日，亚绫生病了，纪衣子前往她家探望，在亚绫的家中，纪衣子遇见了亚绫的哥哥康太。离开之后，纪衣子返回亚绫家中想要拿回遗落的物品，却发现亚绫和康太竟然一丝不挂的躺在床上缠绵。
秦天一行人逃离沉没的荒岛后，来到另一个巨大的岛屿，这里到处遍布着玛雅时代的遗迹，以及更加神秘的氏族，经历一番艰险磨难，他们终于找到了这一切的真相。 时空之路、生态实验室……一切的隐秘将在此交汇。
