第二季将描述该剧的核心主题:为什么古人当初要发射命运号?为什么命运号沿着既定的路线前进?这个路线是怎么确定的?根据剧组的描述,其实命运号有特定的目的地,命运号的任务「非常重要」,远比「将船上的人送回家」重要。不过,完成这项「新任务」的条件之一,就是将船上的人「顺道」送回家。
长今(李英爱 饰)出生在一个贱民家庭,他的父亲徐天寿原来当年曾是内禁卫军官,奉命赐予废太后允氏毒药,随后允氏的儿子燕山君登基继位,天寿为了保全自身,辞官而去。天寿在途中救了长今母亲,两人结为连理,隐姓埋名。岂料皇上燕山君如今欲为母报仇,下令追捕所有当年参与杀死允太后的人,长今母亲逃难路上不幸丧命,临终前嘱咐长今进宫。失去了父母的小长今幸得宫中熟手姜德久一家收留,并在他的安排下进入了宫中御厨房做工,开始了她漫长的宫中历程。 韩尚宫(梁美京 饰)非常照顾聪明好学的小长今,然而崔尚宫却因为与韩尚宫的不和而对长今处处刁难,每次在崔尚宫的设局陷害下,长今都以自己的蕙质兰心和坚持不懈一一化解,然而她母亲的身世秘密却逐渐浮出水面,还有更大的困难挡在长今的面前。