2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
曾经能把惑星毁灭的强大力量“ryukan”，追踪着劫走这个力量的恐怖份子的宇宙联邦搜查官巴蒂，在搜查的途中因错误而杀死地球的高中生千川勉。在修复勉被破坏的身体前，她把勉的记忆跟“心”寄存到自己的身体里面。就这样，两个人开始了一时作为正常的高中生，一时却以巴蒂的身份继续进行任务的二心同体生活。在宇宙与地球围绕着“ryukan”的巨大力量，双方思想交错，故事在这巨大的旋涡中进行 正当巴蒂与勉仍然在搜查“ryukan”的同时，却陷入了不能想象的巨大洪流中。 在原作世界观的基础上展开的原创故事，巴蒂与勉的新战斗，现在正式开幕。
为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。 由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。 只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——
雪男は燐に決別を告げ、イルミナティへと向かってしまった。 強さを求め、真実を求める雪男と向き合うためには、 自分たちの出生の秘密を知る必要があると決意した燐は、 メフィストの手引きで過去へと旅立つ。 燐は、育ての父である藤本獅郎と実の母である ユリ・エギンの足跡を辿っていくが、 二人が生きた道筋は、想像を超える過酷なものだった―― なぜ、悪魔の神であるサタンと 人との間に仔が生まれたのか。 〝青い夜〟とは何だったのか。 すべてを知ったとき、燐が出す答えとは……。 物語はいよいよ「青の祓魔師」の核心を暴き出す――
