冒险家赤间健一在德国探险时发现了一个大洞穴，洞穴通往一座建在附近的城堡。在城堡里面，赤间救下了被一群神秘人袭击的本乡秀树博士。本乡博士是未来科学研究所的领导人，而袭击他的人隶属毁灭了数个文明的暗黑科学帝国Death Dark。
　　与此同时，Death Dark建造的机械岛·暗黑巨大城死亡乌托邦从海底出现，开始征服世界。本乡博士为了粉碎Death Dark的阴谋，在此前已准备组成一支战队。经过电脑的挑选，赤间健一、黑田官平、青山三郎、黄岛太、桃园美树成为大战队的队员。正与邪的较量一触即发……

　　在人类与恐龙和平共存的远古时代，魔女潘多拉之子惨被恐龙杀害，于是她把灵魂卖给恶魔，与恐龙势不两立。但最后落得被封印。古代人恐怕魔女会有复活的一天，于是选出5位战士长眠地底。现代人类无意中将魔女释放出来，白魔道士于是唤醒战士门并组成＂恐龙战队＂与魔女作战。本作出现第一位第6战士。

　　故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

　　哆啦A梦（大山信代 配音）在去未来世界时得到一些小行星奖券，因大雄（小原乃梨子 配音）报错奖券号码，他们无意中来到了一个天堂般的星球。大家开心地把各自的玩具都拿到那个星球上，并用生命之匙赋予了它们生命。玩具们就在那个星球上建造了自己的城市——发条都市。皮卜（佐佐木望 配音）受雷击影响而具有高智能的布偶猪，被选为发条都市的市长。此时，凶恶的罪犯熊虎鬼五郎（内海贤二 配音）逃入大雄的房间，无意间通过任意门也来到了发条都市，并用玩具们的复制装置复制了自己，企图占领发条都市。一场正义与邪恶的较量由此展开了……
　　藤子·F·不二雄执笔到第22页就逝世了，因此这部作品可算藤子·F·不二雄的遗著。

　　哆啦A梦（大山信代 配音）拿出了一个可以进入连环画的鞋子，大家跳进连环画玩，可是静香（野村道子 配音）丢了一只鞋子，没有回来。而连环画被大雄的妈妈烧毁了。于是，大家必须去古代的阿拉伯，寻找童话与现实有衔接的地方，找寻静香的下落。静香是被奴隶贩子拐走了，而大家先是遭遇四十大盗，哆啦A梦的口袋也被偷了，然后大家在海上遭遇暴风雨，拣回一条命被冲到了大沙漠，只能在一望无际的沙漠里艰辛的寻找静香的下落。沙漠里，大家经受着常人无法忍受的困难，大雄严重中暑昏迷，小夫屡屡看到幻像。他们后来发现了一个黄金宫，国王是《一千零一夜》里的风云人物水手辛伯达，他有着大魔神，神灯，飞毯等许多不可思议的，只会出现在《一千零一夜》童话故事里的道具。他为什么会有这些东西？面对想抢夺黄金宫的奴隶贩子和四十大盗，大雄一行人将如何化险为夷……

　　由于不堪忍受老师和妈妈的责骂，大雄决定实施第n次出走计划。与此同时，胖虎、小夫、静香也因为各种各样的原离家出走。小伙伴们凑在一起，但拥挤狭窄的现代都市没有他们的立锥之地。在哆啦A梦的帮助下，他们乘坐时光机来到7万年前的日本。当时这片土地上渺无人烟，绿草晴空，空气清新。小伙伴们展开想象，营造属于自己的快乐家园。
　　偶然间，他们遇到从远古穿越时空来到现代的中国少年克克鲁。克克鲁生在爱好和平的光明族，他们这一族被凶恶残暴的黑暗族袭击，克克鲁则恰巧碰到时空乱流来到现代。大雄他们将克克鲁带到7万年前的日本，小伙伴们同情这个男孩的遭遇，决定帮助他打败黑暗族，拯救族人……