动画《Fate/Grand Order 绝对魔兽战线 巴比伦尼亚》改编自同手游剧情第7章。第七特异点——绝对魔兽战线 巴比伦尼亚!本次圣杯探索的舞台为神代，世界最古老的都市文明，魔兽栖宿的乌鲁克之地。第七特异点位于公元前2655年，人类和神明决裂的最初时代。「三女神同盟 」相互勾结要将人类引向灭亡。吞噬乌鲁克的毁灭预言。直面绝对的终焉，最惨烈的战斗已经揭开序幕!

　　自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

　　小晴（爱河里花子 配音）自幼和母亲维达（茂吕田香 配音）生活在热闹闲散的热带雨林中，虽然母亲孩子气的性格经常给小晴制造出不小的麻烦，但这两人之家的生活尚且温馨快乐。这一天，醉醺醺的维达不知从哪里带回了一个浑身都散发着粉红色气息的可爱少女——阿布（渡边菜生子 配音）。
　　热带雨林里的众人都很喜欢这个可爱的少女，但只有小晴知道，在阿布的“商用”表情背后，藏着一张眼神犀利的阴沉脸，随着脸孔的转变，其乐观开朗的个性也会变得异常腹黑。阿布千变万化的个性让小晴吃了不少的苦头，但小晴也明白，这正是阿布特有的，“关怀”他人的方式。对于小晴来说，有了阿布，从前平静无聊的生活再也不会复返了，一个充满着刺激和冒险的未来在等着他，也在等着热带雨林里的老老小小。

　　齐木楠雄（神谷浩史 配音）是一名十六岁的高中二年级学生，从一出生开始，他便是一名全能超能力者，几乎掌握了一切叫得上名字的超能力，这表面上让人无比羡慕的特质却让齐木楠雄的生活陷入了无聊的绝望之中，因为他几乎不用付出任何的努力，便可以为所欲为。于是，齐木楠雄封印了自己的超能力，致力于做一个默默无闻的普通人。
　　然而，齐木楠雄的身上似乎散发着吸引怪咖的电波，笨蛋不良少年燃堂力（小野大辅 配音）、中二病末期患者海腾顺（岛崎信长 配音）、色胆包天的灵能力者鸟束零太（花江夏树 配音）、从头到脚从内到外都闪耀着完美光辉的照桥心美（芽野爱衣 配音），这些千奇百怪个性迥异的怪人们总是一次又一次的将力求平凡的齐木楠雄拖入麻烦之中。

　　能干的程序员，同时是重度机器人宅的青年，转生到了巨大机器人“幻晶骑士（Silhouette Knight）”震动大地的骑士与魔法的异世界！？
　　以艾尔涅斯帝·埃切贝里亚的身份转生的他，活用丰富的机械知识以及身为程序员的才能，开始制造理想的机器人。但，他的行动演变成了超出预期的事态……！？
　　机器人宅的野望，将改变异世界！！

　　史雷（木村良平 配音）虽然身为人类，却在天族的养育下长大。人类无法感知到天族的存在，可史雷却因为其拥有的强大灵力而让这两个格格不入的种族产生了交集。为了解开遗迹崩塌的谜团，为了推进历史的前进，史雷踏上了旅途，并且在误打误撞之中拔起了石缝中的圣剑，成为了净化凭魔的导师。
　　成熟冷静的米库里欧（逢坂良太 配音）、善良正义的少女艾利夏（茅野爱衣 配音）、开朗热情的罗洁（小松未可子 配音）、外表成熟个性却略显天真的莱拉（下屋则子 配音）、独来独往对人类缺乏信任的埃德娜（福圆美里 配音），一路上，史雷结识了一位又一位个性迥异的同伴，会有怎样的答案在终点等待着他们呢？