西曆2045年。以新超時空要塞7號艦為中心的第37次超長距離移民團--超時空要塞7--一邊和神秘的巴洛達軍多次交戰，一邊向銀河的中心航行！
　　而在西曆2046年。在戰爭的一角，本篇故事開始了……
　　由於巡邏中的一次意外而辭去軍職的女軍官瑪哈拉，退役當天因為意外事故死亡的部下之父對她懷恨在心，因而招來殺身之禍。
　　在千鈞一髮之際救了她的人是個腳穿空中冰刀的少年御堂柴--一個綽號"黑色轟炸機"，粗野的T-CRUSH選手。相傳柴是以往曾經亟欲獲得天才飛行員名號，現在身為超時空要塞7艦長的麥克斯的私生子……
　　對柴充滿興趣的瑪哈拉帶領新加入的成員，擔任柴所屬隊伍的教練。擔任經理、一心想成為歌手的艾妮卡對柴與瑪哈拉的關係感到困惑不已。瑪哈拉完全無視艾妮卡的感受，讓柴與莫巴德展開了一場競賽。雖然柴以自己拿手的技巧而揮灑自如，但卻在最後一圈被接受瑪哈拉指示的莫巴德打敗。之後，柴就從隊上消失了。艾妮卡擔心他，為了尋找他而來到了工廠艦。在貧民區被混混抓住。最被瑪哈拉搭救。
　　從瑪哈拉那裡得到訊息而到一間公寓找尋的艾妮卡，在那裡看到了和美少年一起生活的柴……震怒的艾妮卡加上前來報仇的混混，一場大戰就此展開……

　　表面上看来，真宫樱（井上麻里奈 配音）只是一介平平无奇的女高中生，然而，童年时代的特殊遭遇让她拥有了能够看见幽灵的特异功能，亦改变了她原本风平浪静的生活。一次偶然中，真宫樱遇见了名为六道轮回（石川界人 配音）的少年，敏感的樱很快就发现了少年的半人半神的真实身份。
　　原来， 六道轮回拥有着一半的死神血统，因此而肩负着超度亡灵的重任，他的正直和善良吸引了樱的注意，两人联手，将一个又一个无法安息的亡魂送入了轮回之轮。随着时间的推移，樱渐渐发现，原来六道轮回的奶奶魂子（雪野五月 配音）正是曾经救过自己性命的死神，而她特殊的命运早在那一刻就已经决定。

　　曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。
　　地球圈失去了至今为止的统治机构，在新的支配体系下，新世界被构筑起来。一时的和平到来，与此同时，远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。
　　主人公——少年三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但，CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖，奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月，利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。

　　Heroine（名冢佳织 配音）只是一名普通的少女，在8月1日这一天，醒来的她发现自己竟然失去了所有的记忆，在慌乱之中，一个名叫Orion（五十岚裕美 配音）的精灵出现在了她的面前，精灵告诉Heroine自己被困在了她的内心里，只有当Heroine找回了自己的记忆，他才能够重获自由。
　　就这样，仅仅凭借这手机中储存的一个名字，少女踏上了寻找记忆的旅途。表面冷淡但实际上十分热心的Shin（柿原彻也 配音），具有独特魅力的Ikki（谷山纪章 配音），天才数学家Kent（石田彰 配音），温柔又可靠的Toma（日野聪 配音）等青年接连出现在了她的面前，每个人都在用各自的方式指引着Heroine前进，而终点之处，又是什么在苦苦守候呢？