在兔子洞里，灵兔白妮看到时间之窗一个接一个地消失...未来正在消逝，到底发生了什么？同时，马丽娜在家中醒来，发现有人利用奇迹少女与黑猫罗尔的米可幻奇许了愿。很快，她意识到自己需要变身成奇迹少女……但她发现自己的耳环不见了！幸运的是，灵兔白妮在愿望消除一切之前赶来救了她。为了一起拯救未来，灵兔白妮和马丽娜必须找出是谁发现马丽娜就是奇迹少女，以及这个人是何时、如何偷走她的米可幻奇的。马丽娜意识到蝴蝶米可幻奇现在有了新主人，一切希望似乎都消失了。只有一个人能拯救巴黎和世界，那就是奇迹少女自己。
电影讲述高中生仁英（李来饰）因交通事故失去了母亲。对于独自留下的她来说，虽然世界相当恐怖，但是这个少女比想象中要坚强、开朗、朝气蓬勃。口才狂，韧劲大，无论放到哪里，都有生存下来的气势。跳韩国舞蹈的仁英因为拖欠的房租被赶出家门后，躲在自己所属的艺术团里生活，被以严谨著称的艺术团导演雪娥（陈瑞妍饰）发现，两人慢慢变亲近。 另外，仁英和亲近的社区药剂师（孙锡求饰）也像朋友一样相处。
一次旅游的途中，天才少年团路过秋石古镇，被暴雨困在了暴风旅馆。这里几年前发生过一起骇人听闻的惊天悬案，一位女士被杀害。警方通过广播发布消息，有目击者看到模糊的凶手影像，警方通过广播提醒市民注意逃犯，并描述出该男子的外貌特征，然而案件始终没有得到侦破，凶手逃之夭夭。孩子们通过亲身现场演绎故事中的几个人物，用智慧侦破了这起案件，让真相水落石出。在老师的带领下，报了警，最后凶手落入法网。孩子们沉浸在案件氛围里，陷入了深深的思索。
