距今约5000年前，云集着智者和贤达的神秘之岛亚特兰大陆一夜之间沉没。大西洋底的波塞冬族向亚特兰大陆的飞龙族发起进攻，在强大邪恶的攻势之下，飞龙族彻底覆灭。飞龙族首领将其尚在襁褓中的儿子托付给白海豚露卡（北浜晴子 音），露卡把婴儿藏到日本海附近的猪首岬岩洞中。最终，好心的渔夫一平（八奈見乗児 音）发现了婴儿，将其带回家抚养。13年后，阿龙（塩屋翼 音）已经成长一个少年。是时村中遭到海怪袭击，阿龙在露卡的引导下找到海龟梅顿，终于从它的口中得知自己的身世。一曾迷惑的阿龙最终选择披上红色披风，拿起短剑，和露卡向着波塞冬族占领的大西洋进发……
　　本片根据手冢治虫同名原著漫画改编。

　　2万年前，人类精灵族将暴魔百族封印，但2万年后因人类对环境的污染，暴魔百族得以复活，暴魔大帝决心支配地球。于是大戎博士挑选5位来自武藏学园拥有神奇力量的学生组成＂高速战队＂

　　＂超兽战队＂为战队十周年纪念作。主角们是科学亚加嫡米亚的学院的学生，忍耐不住神秘集团＂伏特＂的多次袭击，而集合有志之士穿上改良自太空服组成＂超兽战队＂。

　　有尾一族想要占领地球，企图统治人类，梦野博士为了阻止其野心，创造出科学战队来拯救人类。

　　在人类与恐龙和平共存的远古时代，魔女潘多拉之子惨被恐龙杀害，于是她把灵魂卖给恶魔，与恐龙势不两立。但最后落得被封印。古代人恐怕魔女会有复活的一天，于是选出5位战士长眠地底。现代人类无意中将魔女释放出来，白魔道士于是唤醒战士门并组成＂恐龙战队＂与魔女作战。本作出现第一位第6战士。

　　冒险家赤间健一在德国探险时发现了一个大洞穴，洞穴通往一座建在附近的城堡。在城堡里面，赤间救下了被一群神秘人袭击的本乡秀树博士。本乡博士是未来科学研究所的领导人，而袭击他的人隶属毁灭了数个文明的暗黑科学帝国Death Dark。
　　与此同时，Death Dark建造的机械岛·暗黑巨大城死亡乌托邦从海底出现，开始征服世界。本乡博士为了粉碎Death Dark的阴谋，在此前已准备组成一支战队。经过电脑的挑选，赤间健一、黑田官平、青山三郎、黄岛太、桃园美树成为大战队的队员。正与邪的较量一触即发……

　　“这里……是哪儿……”
　　察觉到的时候，桐人不知为什么陷入了庞大的幻想风格虚拟世界。登录前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。
　　之后，来到漆黑的巨树“基家斯西达”旁边的他，同一名少年相遇了。“我的名字是尤吉欧。请多关照，桐人君。”少年是在虚拟世界的居民――即“NPC”，但是却如同人类一样拥有“丰富感情”。
　　在和尤吉欧加深交往的同时，桐人也在摸索着登出这个世界的方法。在桐人的脑海中，某一个记忆苏醒了。那是幼年时的桐人和尤吉欧在山野奔跑的记忆――原本，不可能存在的记忆。而在那个回忆中，除了尤吉欧还有一个金发少女的身影。她的名字，是爱丽丝。绝对不应该忘记的、重要的名字。

　　大盗鲁邦三世在意大利的冒险故事

　　鲁邦三世为了解救另一位被收监的侠盗，而潜入德伦特王国。

　　故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。