故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。

　　西元2133年，世界陷入荒芜与混乱，愚蠢的人类亲手用核武器摧毁了自己赖以居住的场所。硝烟与战火散尽之后，孕育着希望的新城奥林帕斯建立起来，高科技的产物生化人 隆重登场，充当着服务人类的重任，而ESWAT则担负起保卫世界和平的重任。在一次执行任务中，布里艾诺斯（山寺宏一 配音）为保护女友迪娜•纳兹（小林爱 配音）而身受重伤，之后ESWAT高层利用布里艾诺斯的基因制作了生化人特雷斯，并让他和迪娜组成新的搭档。虽然颇有抵触，但在一段时间的相处后，迪娜内心深处悄悄发生着变化。
　　与此同时，各地接连发生机器人失控危及人类的情况，而他们使用的武器全部指向了重工业最大生产国波塞冬。奥利帕斯高层研究加强对通信卫星的监控，突然之间，ESWAT内部经过改造的半机械人也失去控制。新的危机呈现，迪娜面临重大的抉择……

　　21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。
　　几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……

　　三千年前，维达一族摧毁了电磁星，余下的电磁星人乘搭一座电磁岛前往地球。但岛上混进了维达怪物，电磁星人与它们展开战斗。其后电磁星人和维达怪物全部战死，岛上只剩下一只机械犬IC。
　　三千年后，维达一族入侵地球，此时电磁岛唤醒了IC。IC召集了五位战士组成电子战队电磁人，让电磁人与维达一族战斗。

　　地球已经很久没有遭受怪兽的侵害了，似乎恢复了和平。
　　人类将目光进一步转向宇宙，因此对抗怪兽灾难的队伍规模也在逐步缩小。
　　而就在这时，神秘宇宙漂浮体“斯菲亚”突然向地球发动攻击。地球与宇宙的联系被斩断，变成了“孤独的行星”。
　　斯菲亚的恶魔之手也逼近了主角明日见奏大的日常生活，它不停地制造着破坏，最终从漂浮体变成了巨大的形态……
　　奏大不顾危险、勇敢地挑战敌人，终于变身成德凯奥特曼。
　　“就是现在，上吧！”
　　奏大手握德凯奥特曼的“光”，为了保护昔日的和平奋勇迎战。
　　为了对抗斯菲亚，新精英队“GUTS-SELECT”重新建立。奏大作为新“精英胜利队”的新队员，与年轻的伙伴们一起对抗巨大的敌人！