在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事发生在十七世纪的中国，被镇压千年的恶魔黑狐王挣脱了桎梏，带着它的爪牙来到人间，四处作威作福，妄图成为世界的霸主。百姓们实在无法忍受水深火热的生活，于是来到少林，请求僧人们出谋划策，打败黑狐王。 少林住持三藏法师告诉众人，寺中有三人是当年打败黑狐王的英雄的转世，如今，亦只有他们三人才有望再度封印黑狐王。就这样，唐小龙（徐刚 配音）、陈小虎（刘强 配音）和花小兰（黄怡晴 配音）三名少年少女成为了百姓最后的希望。可是，三人都只是少不经事的孩子，想要打败黑狐王还差得远呢，为此，三人开始接受艰苦而又危险的训练，他们必须更自信，更强大，才能抵挡黑狐王的侵犯。
狐妖蛊惑书生的风波平息后，神都恢复了以往的繁华与喧闹，武后心情大好，决定举办一场盛大的秋猎，邀请王公贵族和民间擅长武艺的能人共聚一堂，切磋骑射。 吐谷浑小可汗慕容纪也受邀参加秋猎，却阴差阳错的成了一场行刺武后阴谋的“嫌疑人”。走投无路的慕容纪只得向裴坤求助，希望他能帮忙找出真凶，洗清自己的冤屈。为保大唐国泰民安，也为帮助好友，裴坤和尉迟柱、韩冬青等伙伴再次联手查案，一路险情和笑料不断，终于追查到了谋刺武后的真凶，阻止了一场大唐与吐谷浑之间的战争。
“胶囊计划”邀请14支来自各行业、具有成熟动画制作经验的专业团队，以“极致情绪”为主题创作独立动画，组成精品动画短片集，以不同的形式、风格传递出纷呈的情绪故事。 短片分别为：《终极体验》《癔症》《晴转多云，有时有蝌蚪》《界》《番茄餐厅》《太空的奇侠基曼》《齐日迈》《辰光恰恰好》《荧惑归途》《双面》《留守童话》《班长爱学习》《瓶装闪电》《喵十一》。
