随着明太祖朱元璋的驾崩，围绕新帝登基的争夺则进入到白热化。传位给朱允炆（陈山聪 饰）的遗诏不幸遗失，这个消息一经走失得到了江湖上各类势力人马的追逐。朱允炆派他的得力助手，来自锦衣卫的敖笑风（谢天华 饰）前往追查。在追查的过程中，笑风意外邂逅了燕王朱棣（马德钟 饰）及他的谋臣马三保（陈键锋 饰）。笑风和三保斗智斗勇，经过一些事情，二人迅速成为好友，但这时，笑风也得知了朱棣逆谋之意，暗自警惕着。
　　因为一次意外，笑风失去了记忆，竟而连性格也大变。而笑风的失忆无法阻止事情的向前推动，后称的“靖难之变”依然照旧上演，不存在的洪武三十二年，究竟发生了什么，借由笑风之眼，我们来一窥究竟。

　　嘉庆年间，皇上与皇后前往热河行宫避暑，并许诺归来后将于中秋佳节之季晋如妃（邓萃雯饰）为贵妃。然而此时宫外却疯传对如妃不利的传言，靠在宫中打听消息取利的撷芳殿奶娘湘菱（蔡少芬 饰）和公公马新满（韦家雄 饰）等人亦卷入其中。而这一切却是如妃的妹妹，也就是年少守寡的淳太妃（伍咏薇 饰）所为。如妃听之任之，只愿有朝一日能解开心结。并暗中笼络亲生孩儿五阿哥的奶娘湘菱和太医杨梓轩（曹永廉 饰）一齐照顾五阿哥，以保守钮祜禄一族的秘密。为讨淳太妃欢心，如妃要求南府在戏单上加唱一曲《牡丹亭》。手忙脚乱之际，公公马新满只得让在府中教戏的章和班代为上台。却不料京中名伶高流斐（陈豪 饰）一唱成名，宫中女子多芳心暗许，如一粒石子投入紫禁城平静的湖心。
　　本剧为《金枝欲孽》第二部，讲述另一个时空的后宫风云。

　　志在维护正统的西汉士大夫公明（井柏然饰），偶然间发现自己可以自由穿梭于千年时光之中，并在一次次的时光穿梭中，与不得志的现代女演员林湘湘展开了一场跨越千年的“甜蜜虐恋”。

　　故事发生在抗战时期，老家在东北的平安（胡杏儿 饰）和病重的母亲在自小青梅竹马的孝义（吴卓羲 饰）的帮助下来到了南京，准备投靠父亲顾万齐。顾万齐是南京当地数一数二的米商，富可敌国，家中妻妾成群，平安的母亲只是当年在顾家工作的下人，因和顾万齐一时意乱情迷才生下平安。结果，平安还没顺利进入顾家，母亲就去世了。孝义帮助平安安葬完母亲后，帮她找到了顾万齐，平安最终得以进入顾家。
　　进入顾家后的平安受尽欺凌，但她乐观向上的性格为勾心斗角的顾家带来一丝阳光。此时，日军逼近南京。南京一个汉奸富商潘世昌（陈锦鸿 饰）不顾国人感情充当日军买办，孝义和一班爱国激进分子对其恨之入骨，多次想教训他一顿。
　　日军终于进南京了，顾家也举家逃离。乱世中，孝义、平安和潘世昌展开了一段恩怨情仇.

　　康熙五十七年，皇族秋猎，于木兰围场遇暴客行刺，戌卫精兵溃伤，哈达亲王殒命，康熙怒遣皇四子雍亲王（郑少秋饰）南下缉凶。雍亲王爱新觉罗胤禛遂化名傅示真，微服简从南下查案，于石门结识江南名儒之女吕丝丝（梁琤饰），二人协力，铲桐山贼，保振远镖，几番出死入生，患难与共，情愫渐长，相知益深。
　　原木兰山左翼长刘勇，因行刺案遭牵连，身系囹圄，妻小流散。二子改从母姓，曰李卫，李才。卫辗转投至皇十四子大将军王麾下，于西疆屡建战功。才往石门奔东海书院，习文印诗，一心潜学。东海书院山长吕留良，即丝丝父，为士林巨擘，倡兴汉学，拒不仕清，又与反清组织江南八侠素有往来，深为朝廷所忌。
　　胤禛欲以康熙南巡发赈为饵，巧计拿敌。不意双方对峙少林之际，意外发现江南八侠之一虞慧儿，竟是十多年前落水失踪的十七格格，康熙望女得归，大喜，封为佛抱。
　　为保佛抱格格顺利入宫，胤禛托请丝丝傍随照料。丝丝遂辞别父亲，北上皇苑，与佛抱格格位，胤禛得总理大臣隆科多襄助，顺利登极，改元雍正。
　　为使胤禛断思，吕家将丝丝许给李才为妻。文定之礼方毕，吕父谢世，丝丝大恸。而雍正君临天下，治风勤严，与丝丝南北乖隔，遥相用忍。
　　李才得丝丝之鼓励，应考取官，一试中的，以状元内封大学士，侍命军机处，深为雍正所重。李卫亦为雍正收买，先后于皇十四子允示题胤祀与川陕总督年羹尧处卧底，雍正元年，胤祀囚景陵，三年，年羹尧遭赐死，李卫得扶摇直晋浙江巡抚。任内，查得石门东海书院有盗窃官粮，私通明遗之嫌，遂迭报军机处，请拿吕家。雍正十年，东海书院满门抄斩，两百馀命葬于乱坟。丝丝李才上京请命未及返回，得存。遭逢巨变，丝丝悲愤无已，誓谋雍正以报血仇。不料三刺未中，反遭雍正所制，二人限期共理朝政，十八个月后维民所止。丝丝遂擢封吕侍读，协助雍正改革赋役，整顿吏治。期限届至，雍正视死如归，丝丝不忍，延期活之。
　　李才丢官之后，游名山大川，写三朝演义，因书中触露宫禁，问罪被刑。丝丝感其情深义重，狱中委身，生子图报。
　　大限有期，天地会内外倾逼；雍正十三年八月廿三子夜，胤禛端坐就戮，丝丝苦剑徊肠，十五年恩仇难泯，牡丹亭生死成谜。
　　弘历即位，改朝乾隆； 二十年，闻说黄山之巅有双神仙侠侣，貌似雍正丝丝，众人登山寻访，却哪见仙踪侠影。正所谓，吴水深万丈，楚山邈千重，雌雄终不隔，神物会当逢。

　　二战结束后，数百位纳粹分子逃至西班牙躲藏。到了1960年代，某位大屠杀幸存者加入特务行列，要向这些纳粹讨回公道。