《乌龙院之活宝传奇》动画片第二季延续功夫喜剧的特点， 讲述师徒四人在寻宝救世的冒险旅途中领悟到信心和快乐才是真正的力量，展现了东方智慧和见义勇为的精神。故事主要讲述在神奇的“活宝”惊现江湖后，师徒四人在寻找到活宝的四个部分后，为了找到最后的活宝之首，乌龙院师徒登上了极乐岛。
　　在极乐岛上，众人遇见了失踪多年的艾飞父亲——艾迪生，在他的帮助下，从岛上的猴群手中找到了活宝之首。几经周折，众人在药王庄找到了奄奄一息的艾飞将其救活，右活宝也终于被拼接完整。失散千年的左右两个活宝在此重逢，师徒四人见任务圆满完成便启程返回乌龙院。
　　不料老沙客为提炼活宝原力，将左和右活宝都迷晕抓走。在提炼原力的中途却发生意外，80%活宝原力被其长子沙客季获得。沙客季妄图补全活宝原力，按照祖传秘法抓来极阳之人——乌龙院大师兄，不料活宝原力又意外的转移到了大师兄身上。
　　乌龙院大师父发现活宝之事并未平息，担心活宝强大的力量落入坏人之手，于是又展开了调查。通过线索众人一直找到庞贵人的密室，发现了沙客家族炼丹宗师沙客一的画像，并被带入一条密道。
　　原来密道是通往恒王地宫的，在地宫里众人遇到为了获得完整原力而来寻找麒麟胆的大师兄，可当麒麟胆现世时，却吸走了大师兄身上的活宝原力。原来所有一切都是死于千年前的沙客一设的局，他引来活宝原力是为了使自己复活，并妄图统治天下。
　　众人不敌复活的沙客一，沙客一利用活宝原力和炼丹术，控制着魔仆压榨百姓、炼造了大批如同真人的魔俑，天下江湖危在旦夕。为了阻止他的邪恶阴谋，众人齐聚铁堡，计划派出铁金刚二代和魔军抗衡。大战来临前，铁堡意外失火，铁金刚被烧坏，而此时却传来魔俑大军即将烧制完成的消息。重要关头，大师兄决定带队前往石头城，捣毁魔窑，双方大战将一触即发。

　　过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。

　　查尔斯·狄更斯（肯尼思·布拉纳 配）给儿子瓦尔特·狄更斯（罗曼·格里芬·戴维斯 配）讲述一个故事，这场最初作为睡前故事的讲述，最终变成了一段改变人生的旅程。通过生动的想象，瓦尔特与耶稣（奥斯卡·伊萨克 配）并肩行走，见证奇迹。

　　表面上看来，桃子（冰上恭子 配音）、百合（野上尤加奈 配音）、雏菊（宫村优子 配音）和红花（今井由香 配音）是四个活泼可爱个性开朗的女孩，可是在背地里，她们还有这另一重身份——为了拯救天使界而战斗的“爱天使”。随着时间的推移，曾经激烈的战斗已经成为了过往，过上了平静生活的四人逐渐失去了作为“爱天使”的记忆。
　　一次旅途中，前往海边度假的四人意外的遭到了妖怪的袭击，之后现身的阿布罗狄女神（病藤真子 配音）恢复了四人的记忆。一枚神秘戒指的出现令来自魔界的普雷（矢尾一树 配音）再度蠢蠢欲动，而这枚戒指不再别处，正巧就在桃子的手中。

　　长达一个多小时的特别版，imdb收录为第七集第25集，但是在美国有发行DVD，想像海绵宝宝要和Sandy结婚了？！

　　距今约5000年前，云集着智者和贤达的神秘之岛亚特兰大陆一夜之间沉没。大西洋底的波塞冬族向亚特兰大陆的飞龙族发起进攻，在强大邪恶的攻势之下，飞龙族彻底覆灭。飞龙族首领将其尚在襁褓中的儿子托付给白海豚露卡（北浜晴子 音），露卡把婴儿藏到日本海附近的猪首岬岩洞中。最终，好心的渔夫一平（八奈見乗児 音）发现了婴儿，将其带回家抚养。13年后，阿龙（塩屋翼 音）已经成长一个少年。是时村中遭到海怪袭击，阿龙在露卡的引导下找到海龟梅顿，终于从它的口中得知自己的身世。一曾迷惑的阿龙最终选择披上红色披风，拿起短剑，和露卡向着波塞冬族占领的大西洋进发……
　　本片根据手冢治虫同名原著漫画改编。

　　故事发生在罗马帝国崛起的时期，彼时，大西洋沿岸已经尽数被强悍的罗马军队占领，只剩下一个小小的高卢村庄还在顽强的抵抗着侵略。阿斯克（何热·卡尔 Roger Carel 配音）和欧贝里克斯（Jacques Frantz 配音）是居住在此的两个名不见经传的小人物，而他们即将要完成一个伟大的任务，那就是拯救被敌方绑架的古巨立克斯（洛兰特·道驰 Lorànt Deutsch 配音）。
　　古巨立克斯虽然身为高卢首领的侄子，却是个胆小懦弱至极的人，然而，在古老的传说中，这样的人将会被赋予飞行的能力，这也就意味着，古巨立克斯成为了拯救村庄和村民们的唯一希望。在此过程中，古巨立克斯结识了美丽温柔的艾巴（莎拉·弗里斯蒂 Sara Forestier 配音），坠入了爱河。

　　娜美偶然得到一张珍兽岛的地图，据说那里埋藏着无价的宝藏，草帽海贼团的诸位不顾乔巴的阻拦，决定向这座小岛挺进。正在此时，海底火山爆发，将黄金梅利号抛向空中。机缘巧合，他们竟然被抛到了珍兽岛。这个小岛由会说人话的动物统治，它们的老国王麒麟狮已经仙逝，偶然跌落于此的乔巴被众兽奉为新的国王。乔巴拗不过众兽，权且任职。正当珍兽岛为新国王的诞生欢欣鼓舞之时，贪婪邪恶的巴特拉伯爵及其爪牙登陆小岛。为了传说中的“国王宝藏”，他不惜对岛上的动物大开杀戒。他们也势必和草帽海贼团发生冲突……
　　本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原著改编，是2002年上映的第三部动画剧场版。