乾隆年间，少年胡斐为父报仇踏入险象丛生的江湖，从一个有勇无谋的莽撞少年，成长为心系苍生、为国为民的一代大侠的故事。在寻仇的路上，胡斐因为打抱不平得罪了恶霸凤天南，并与凤天南的女儿天山派女侠袁紫衣产生了一段相爱相杀的凄美爱情。胡斐找到苗人凤的时候，苗人凤已经被被阴险的田归农陷害，眼睛失明。胡斐不愿乘人之危，铤而走险来到药王谷寻求解药，在药王谷结识了毒手药王的弟子程灵素，两人发生了一段凄美的故事。随着线索的不断浮现，原来杀父仇人另有其人，胡斐逐渐对苗人凤产生了敬仰之情，胡斐最终除掉了真凶田归农，大仇得报，最后和袁紫衣合力粉碎了福康安的阴谋。

　　故事紧接上集发展。除掉魔尊后，日童（郭晋安 饰）同裘菁菁（杨羚 饰）结为连理，可是，成亲当天，裘菁菁却被河妖捉走，尽管幸免于难，脚上却多了一个会越变越大最终危及性命的金锁。为了救妻子，日童和月童（张卫健 饰）再度踏上了旅途，寻找可以破开金锁的金斧。
　　途中，两人结识了名为段飞（吴启明 饰）的男子，三人之间结下了坚实的友谊。寻得了金斧，两人却意外放出了妖王（罗莽 饰），之后，月童和段飞均爱上了名为小蝶（刘玉翠 饰）的美丽女子，两人因此而决裂。其实，小蝶的真实身份为雀妖，在一番波折之后，她终于与月童走到了一起，正当两人沉浸在幸福之中时，段飞却杀了他们一个措手不及。

　　隋朝未年，煬帝荒淫無道，天地間正氣蕩然，以致凡間妖道橫行，民不聊生，惹得天怒人怨，天廷於是派遺多名天兵天將降世,輔助太原守備李淵斬魔除妖，建立大唐，並將「定國神珠」賜給李淵，用作鎮懾群魔，唐主英明，由太祖到太宗，經數十年大盛，百姓亦得以安居樂業。輾轉傳至高宗(李治)一代，凡間出了一個野心勃勃的武媚娘武則天，加上妖道中的千年巨蟒「南山姥姥」，奈何唐室有「定國神珠」鎮懾，姥姥和武則天一時間也未能奪得天下，只好一邊誅殺「唐室」後人，一邊由姥姥作法，企圖奪取龍珠。時相王李旦的妻子陳氏剛好誕下麟兒，取名隆基，基母為保隆基性命，於是將剛出生的隆基置於竹籃之中隨水漂流，結果為一以神婆為業的寡婦高大娘收養 。
　　玉帝眼見凡間混亂一片，並得悉原來是「定國神珠」蒙塵，致令妖孽作亂，於是下令見習仙子「碧瑤」(文颂娴 饰)下凡抹拭「龍珠」，豈料碧瑤一時疏忽之下，竟被姥姥趁機發難搶奪，碧瑤為保「龍珠」，更被吸入「龍珠」之內，但仍奮力帶動「龍珠」逃脫姥姥的魔爪，掉進天牢之內。
　　時光飛逝，轉瞬間，二十年已經過去，隆基即高二(陈浩民 饰)在高大娘的撫養下亦已經長人成人，與義兄高力士(麦长青 饰)情同手足。力士遇上了一名富家千金慕容雪(杨怡 饰)，心生愛慕，卻又無膽追求，於是叫隆基代其出面追求，結果都是徒勞無功，反而隆基在慕容雪心中留下深刻印象，而在日久生情下，隆基竟然也愛上了慕容雪。
　　時一直被囚禁在天牢的基母突然狂性大發，逃出天牢，四處找尋親子來至隆基所住的小鎮，因身無分文，且神智不清而遭人欺凌，病倒於路邊，隆基見狀，基於義憤和同情，於是帶了基母回家醫治，基母對隆基感恩，遂將一直藏在身上的「龍珠」送了給隆基，隆基自從得了「龍珠」之後，好?#092;隨來，逢賭必勝，此事為賭場中人發覺，隆基一時情急，把「龍珠」吞下，「龍珠」內的碧瑤大驚，最後碧瑤竟然脫困，從「龍珠」內走出，碧瑤見「龍珠」仍在隆基體內，無法取出，只好留在隆基身邊，一來希望將「龍珠」取回，二來希望能借助隆基的力量找尋真龍皇子，恢復大唐江山。碧瑶使用法术，送隆基寻找生身父母，然而每次都在最后关头出错，高二始终不知生父母是何人。
　　碧瑶发挥神仙法力，经常拿出一些新鲜有趣的工具捉弄高力士（有类似与机器猫的哪都能去的门，传音达意苻等）终于，高力士得知碧瑶是神仙，并且偷听到碧瑶找寻真龙天子的秘密。高大娘有一些法力，于是高力士求高大娘作法，将宝镜的光引到自己身上，使碧瑶认定自己是真命天子。
　　高力士如愿当上太子，性情大变，不但对隆基，高大娘冷漠无情，还要强娶慕容雪为妻。隆基为帮慕容雪逃走，被高力士放逐到海里，幸碧瑶及时相救，两人之间产生微妙感情，阿雪更为救隆基，违心答应高力士的婚事。
　　真相终于大白，隆基回归太子李隆基身份，母亲却已被国师假传圣旨害死，隆基悲痛欲绝，却不记千嫌救下要被处斩的高力士，兄弟言归于好。碧瑶为隆基高兴，来宫中看他，惊奇发现宫中的武则天不是真的武则天，而是国师假扮的，而国师，是一只法力甚高的妖怪。假武则天以感情离间隆基与碧瑶，隆基不信碧瑶所言，还听信国师的话，将碧瑶收入银梭，以为可将碧瑶送回天庭，碧瑶坚持不将龙珠交出，被国师打得灰飞烟灭，银梭破裂，留下“我虽随风逝，望君护龙珠”的字样，隆基若有所悟。
　　碧瑶为莲花仙子所救。暂时变作男身，碧瑶不记前嫌，仍然坚持要隆基知道真相，隆基大婚之时，碧瑶黯然神伤。惊奇发现，已身陷情网，爱上隆基。隆基与慕容雪的新婚之夜，男身碧瑶偷放在隆基怀中的铜钱，唤醒了被国师使了迷魂大法的慕容雪。隆基终于知道，碧瑶没有骗他，心中满是歉疚。隆基阿雪等与妖怪决战时，隆基受了重伤，碧瑶以法力救活了他，却告诉阿雪不要告诉他自己来过。隆基终于知道一直帮助自己的人就是碧瑶，追到山上，红日当空，金辉满山，两人黯然离别，碧瑶返回天庭。
　　众人查出，国师是一只蜥蜴妖，要吞掉龙珠变成人，隆基等抱着最后希望，去太庙偷宝剑，被妖怪发现，阿雪为救隆基身亡，碧瑶在天庭看到，立即下来相救，阿雪临死前，就碧瑶照顾隆基，碧瑶答应。妖怪吞掉龙珠，法力大增，碧瑶进入妖怪体内，以龙珠镇住妖怪，隆基忍痛一剑刺去，一阵烟尘过后，碧瑶与妖怪一起灰飞烟灭，化作烟尘无数，龙珠徐徐落地，隆基泪流满面。
　　李显即位，一日，碧瑶托梦给隆基，梦中送他一只玉镯，隆基不解其意，但对碧瑶一直无法忘情，公元712年，李隆基即位，开创开元盛世的局面，十多年后，高力士为李隆基选妃，隆基赫然在名册上发现杨玉环的名字，惊喜无限，杨玉环上殿，果然是碧瑶模样，两人深情相拥，再也不愿分开。

　　康熙五十七年，皇族秋猎，于木兰围场遇暴客行刺，戌卫精兵溃伤，哈达亲王殒命，康熙怒遣皇四子雍亲王（郑少秋饰）南下缉凶。雍亲王爱新觉罗胤禛遂化名傅示真，微服简从南下查案，于石门结识江南名儒之女吕丝丝（梁琤饰），二人协力，铲桐山贼，保振远镖，几番出死入生，患难与共，情愫渐长，相知益深。
　　原木兰山左翼长刘勇，因行刺案遭牵连，身系囹圄，妻小流散。二子改从母姓，曰李卫，李才。卫辗转投至皇十四子大将军王麾下，于西疆屡建战功。才往石门奔东海书院，习文印诗，一心潜学。东海书院山长吕留良，即丝丝父，为士林巨擘，倡兴汉学，拒不仕清，又与反清组织江南八侠素有往来，深为朝廷所忌。
　　胤禛欲以康熙南巡发赈为饵，巧计拿敌。不意双方对峙少林之际，意外发现江南八侠之一虞慧儿，竟是十多年前落水失踪的十七格格，康熙望女得归，大喜，封为佛抱。
　　为保佛抱格格顺利入宫，胤禛托请丝丝傍随照料。丝丝遂辞别父亲，北上皇苑，与佛抱格格位，胤禛得总理大臣隆科多襄助，顺利登极，改元雍正。
　　为使胤禛断思，吕家将丝丝许给李才为妻。文定之礼方毕，吕父谢世，丝丝大恸。而雍正君临天下，治风勤严，与丝丝南北乖隔，遥相用忍。
　　李才得丝丝之鼓励，应考取官，一试中的，以状元内封大学士，侍命军机处，深为雍正所重。李卫亦为雍正收买，先后于皇十四子允示题胤祀与川陕总督年羹尧处卧底，雍正元年，胤祀囚景陵，三年，年羹尧遭赐死，李卫得扶摇直晋浙江巡抚。任内，查得石门东海书院有盗窃官粮，私通明遗之嫌，遂迭报军机处，请拿吕家。雍正十年，东海书院满门抄斩，两百馀命葬于乱坟。丝丝李才上京请命未及返回，得存。遭逢巨变，丝丝悲愤无已，誓谋雍正以报血仇。不料三刺未中，反遭雍正所制，二人限期共理朝政，十八个月后维民所止。丝丝遂擢封吕侍读，协助雍正改革赋役，整顿吏治。期限届至，雍正视死如归，丝丝不忍，延期活之。
　　李才丢官之后，游名山大川，写三朝演义，因书中触露宫禁，问罪被刑。丝丝感其情深义重，狱中委身，生子图报。
　　大限有期，天地会内外倾逼；雍正十三年八月廿三子夜，胤禛端坐就戮，丝丝苦剑徊肠，十五年恩仇难泯，牡丹亭生死成谜。
　　弘历即位，改朝乾隆； 二十年，闻说黄山之巅有双神仙侠侣，貌似雍正丝丝，众人登山寻访，却哪见仙踪侠影。正所谓，吴水深万丈，楚山邈千重，雌雄终不隔，神物会当逢。

　　以明朝为时代背景，描述李其(朱江)，练得一手好剑，因生活十分困苦，加上妻子沈素心(曾庆瑜)体弱多病，为生活沦为盗贼。由于他剑术高明强，渐渐声名大噪，后来做了一宗大买卖，被官府追缉，更被同伴出卖，被名捕头设下陷阱捕获，被重判配刺发放边强。李其深省悔悟，适逢新帝大赦，放其还乡。李其满意以为可以重新过日子，谁知昔日出卖他的同伴，因恐怕其复仇，沿途加以陷害及追杀，加上他面上有刺青字，被人唾弃。虽然一家三口重聚，仍过着提心吊胆、颠沛流离的逃亡生活……

　　
　　从1993年开始TVB兴起了一股翻拍金庸剧的潮流，随之而来的是正剧之外的前传或外传类的杜撰金庸剧的轮番出场，射雕出了九阴真经，南帝北丐，中神通王重阳，倚天则出了这部金毛狮王和后来96年的武当张三丰。
　　金毛狮王一定程度上丰富了倚天中明教这条线的情节，谢逊和成昆如何从师徒变为仇敌，阳顶天和成昆怎么会从莫逆之交变成一对死敌，杨逍殷天正等人如何成为一代大侠，这些都是该剧吸引大家眼球的资本所在。
　　当然该剧的硬伤也不少，和其他“杜撰金庸剧”一样，部分情节捏造的有些与原著无法联系，但整体上对于喜欢金庸剧的朋友来说这还算是一道不错的小菜。